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Collaboration entre équipes de recherche et plateformes de pointe : une association qui fonctionne !

Découvrez la publication et la vidéo sur la nouvelle méthode de croissance et d'analyse qualitative des biofilms bactériens sur les hyphes fongiques mise en place par les équipes du centre !

Tournage technique publication Jove. © Inra, Y. Bernardi
Publié le 01/02/2017

Les biofilms bactériens se forment fréquemment sur des surfaces fongiques et peuvent être impliqués dans de nombreux processus d'interaction bactériens-champignons, tels que la coopération métabolique, la compétition ou la prédation. L'étude des biofilms est importante dans de nombreux domaines biologiques, que ce soient les sciences environnementales, la production alimentaire ou encore la médecine. Cependant, peu d'études se sont concentrées sur ces biofilms bactériens, en partie à cause de la difficulté de les étudier. La plupart des méthodes d'analyses qualitatives et quantitatives des biofilms décrites dans la littérature conviennent uniquement aux biofilms se formant sur des surfaces abiotiques ou sur des surfaces biotiques homogènes et minces, comme une monocouche de cellules épithéliales. Alors que la microscopie confocale à balayage laser (LSCM) est souvent utilisée pour analyser les biofilms in situ et in vivo, cette technologie devient très difficile lorsqu'elle est appliquée aux biofilms bactériens sur les hyphes fongiques. Cela est dû à l'épaisseur et aux trois dimensions des réseaux des hyphes.

Pour surmonter cette lacune, des chercheurs de l’unité IaM  Inra – Université de Lorraine,  en association avec la plateforme d’écologie fonctionnelle (PTEF unité EEF  Inra – Université de Lorraine) ont développé un protocole innovant. Le concept ? Combiner plusieurs outils de microscopie avec une méthode permettant de limiter l'accumulation de couches d'hyphes dans les colonies fongiques. Avec cette approche, ils ont ainsi pu étudier le développement de biofilms bactériens sur les hyphes fongiques à de multiples échelles en utilisant à la fois la microscopie confocale à balayage laser et la microscopie électronique à balayage (MEB-FEG).

En plus de décrire cette nouvelle méthode de croissance et d'analyse qualitative des biofilms bactériens sur les hyphes fongiques par microscopie confocale et électronique, l’article, publié dans la revue électronique « Journal of Visual Experimentation (JoVE)», permet de visionner un film de présentation des étapes clés la méthode afin de faciliter son utilisation dans d’autres laboratoires.

Découvrir l’article et la vidéo : http://www.jove.com/video/54771/a-new-method-for-qualitative-multi-scale-analysis-bacterial-biofilms