Microscope électronique à balayage (MEB) de la plateforme technique d'écologie fonctionnelle (PTEF), au centre Inra de Nancy-Lorraine, site de Champenoux (54). © Yves Bernardi

Nos infrastructures de recherche

Plateau technique d’écogénomique fonctionnelle (PTEGF)

Le plateau technique d’écogénomique fonctionnelle (PTEGF) rassemble des personnels et équipements dédiés à l’étude des écosystèmes forestiers via des outils de microscopie, microdissection,  génotypage, séquençage d'ADN, transcriptomique et bio-informatique.

L’identification des gènes impliqués dans les interactions arbres-champignons-bactéries est l’un des objectifs de recherche de l’Inra en Lorraine, et notamment  de l’UMR Interactions arbre-microorganismes (IAM), responsable du PEGF. Pour permettre l’identification de ces déterminants génétiques, le plateau permet l’accès à des outils performants et innovants de génomique, transcriptomique et bio-informatique, ainsi qu’aux prestations des experts dans ces domaines.

Les prestations et outils disponibles

La spécificité de ce plateau réside dans son aspect intégratif, car il regroupe toutes les étapes nécessaires à la caractérisation et à la validation de gènes marqueurs et le matériel associé :

  • Préparation des échantillons
    • Pour la microdissection à laser et microscopie : station d’inclusion, microtome à rotation, robot de marqueurs de biomolécules.
    • Extractions: protocoles spécifiques pour maximiser la production d’ADN et ARN de qualité.
  • Microscopie : microscope confocal à balayage laser, microscope à microdissection laser.
  • Séquençage à haut débit 454 : pyroséquenceur 454 Roche GS Junior
  • Analyses bio-informatiques et exploitation des génomes, transcriptomes et inventaires métagénomiques : clusters et grilles de calcul.

Le plateau est ouvert à l'ensemble des partenaires en recherche et développement dans les domaines privé et public, aux niveaux régional, national et international.

Les collaborations du plateau

Le PTEGF est impliqué dans les recherches du pôle de compétence lorrain Fabelor, des Fabelor Forbois et MISN (financés par la Région Lorraine) et de la structure fédérative Efaba. Au niveau international, il est fortement impliqué dans des collaborations avec l'US Departement of Energy Joint Genome Institute et dans le projet « Plant microbe interfaces » avec l’Oak Ridge National Laboratory. En Europe, le PTEGF a contribué aux projets Evoltree, Energypoplar et Ecofinders.

Coordonnées et contact

Responsable : Annegret Kohler (annegret.kohler@nancy.inra.fr)